樣品量足夠多時，不必考慮這一問題。但對于痕量分析而言，進針深度的調節問題將較為突出。理想的情況下可以使進針深入到接近樣品瓶底部，這樣可以大限度地利用樣品。當可用的樣品體積有*，可以采用微量樣品瓶以增加給定體積樣品的相對深度。如果進針過深，可能插入樣品瓶的底部，甚至導致針尖阻塞。如果進針深度不足，樣品只及針尖部分，針將不能抽取足夠量的樣品,部分空氣取而代之。
對于進針深度的調節，一般采用機械或電動的方法，目前本公司旗下自動進樣器可以在液相色譜儀色譜工作站上設置。無論采用哪種方法，實驗之前都必須認真調節，更換樣品瓶類型時還需要重新調整。
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