至今，四極質譜儀與其它質譜儀相比較，仍然是應用得廣泛LC/ APIMS儀器。單級四極質譜儀的主要優點是相對可靠、優良的性能價格比。適合于定性、定量分析。四極質譜儀主要缺點是得到的是低分辨質譜，只有在測定的成分是純的且沒有化學背景雜質與之重疊時，才有可能測定準確質量。用單級四極質譜儀作定量分析采用選擇離子監測( selected ion monito-ring, SIM)。檢測限取決于能否將目標化合物與樣品中的其它成分(包括背景干擾)加以區別。雖然單級四極質譜儀沒有MS/MS功能，但用源內CID具有使離子誘導裂解的“準MS/MS"功能。
如果需要MS/MS功能以進行化合物結構分析或用選擇反應監測(select-ed ion reaction monitoring, SRM)以提高選擇性及定量分析檢測限，應采用三重串聯四極質譜儀( triple quadrupole mass spectrometer, TQMS)。 在TQMS中，也是的形式是四極(MS-1) 用于前體離子選擇，RF-only 四極作為CID區，后一級四極(MS-2) 分析產物離子。至今，用LC/ESIMS進行復雜成分的定量分析時，如藥物代謝動力學研究。
TQMS具有多種MS/MS功能，除上述產物離子掃描外，還有前體離子掃描和恒定中性丟失掃描。TQMS的CID是低能過程，能量在10-100eV范圍。因為低能CID對操作條件較敏感，故不同的儀器所得的產物離子質譜的.重現性較差。但是，與離子質譜儀所得的產物離子光譜比較，較少發生重排和離子分子反應產生的(假象)。
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